Actualmente la Facultad de Medicina cuenta con Convenios de Colaboración con las diferentes Instituciones de Salud del Estado de México: IMSS, ISSEMyM, ISSSTE y básicamente con el Instituto de Salud (ISEM), por ser el organismo rector del área de la salud en el Estado y con funciones sustanciales en las dos áreas previamente mencionadas.
La Facultad de Ciencias de la Conducta ha suscrito convenios con diversas Instituciones públicas y privadas como: Dirección General de Prevención y Readaptación social del Gobierno del Estado de México, Comisión de Derechos Humanos del Estado de México, Asociación Mexicana de Alternativas en Psicología A.C., ISSEMYM, DIFEM, Centros de Integración Juvenil y Procuraduría General de Justicia.
Así mismo, la Facultad de Odontología cuenta con convenios académicos con las Universidades de Meikai y Asahi, las cuales apoyan al programa de Doctorado en Ciencias de la Salud con cursos intensivos, asesorías y proyectos de investigación.
La Facultad de Enfermería y Obstetricia tiene convenios Interinstitucionales con: Universidad de Suanzi en Inglaterra, la Facultad de Enfermería y Nutriología de la Universidad Autónoma de Chihuahua, UNAM, IPN, FEMAFEE, Asociación de Escuelas de Enfermería del D. F. y Estados de Los convenios con el sector salud y otras instituciones educativas, pueden contener áreas de oportunidad para obtener recursos para la investigación, la actualización de profesores y el incremento de becas para los alumnos.
Del mismo modo se tienen acuerdos con Instituciones de Salud como: El Instituto de Salud del Estado de México, ISSEMyM, IMSS, ISSSTE e IMIEM los cuales permitirán que los alumnos realicen sus trabajos de investigación en esas organizaciones, debido a que son trabajadores y con su participación ayudan a resolver la problemática y mejorar los servicios.